Salah satu kendala pemakaian pupuk organik ialah sulitnya menakar kandungan unsur hara. Setiap produksi pupuk organik memiliki komposisi berbeda.
Terdapat 3 syarat penting pupuk organik, yakni memiliki unsur nitrogen bentuk senyawa organik agar mudah diserap tanaman. Berikutnya, pupuk organik tidak meninggalkan sisa asam organik pada tanah, serta mempunyai senyawa karbon organik tinggi.
Pemakaian pupuk organik disesuaikan dengan kebutuhan unsur makro dan mikro tanaman. Tingkat kebutuhan unsur itu tergantung pada pertumbuhan tanaman, seperti saat persemaian, pupuk organik yang dibutuhkan harus memiliki unsur 2,7% N, 0,7% P, 2,8% K, 6% Ca, dan 1,8% Mg. Hal itu dapat dipenuhi dengan memakai kotoran unggas dan kambing sebagai sumber pupuk organik.
