Air di dalam akuarium laut secara berkala perlu diganti supaya sumber plankton baru sebagai sumber pakan selalu terjamin. Setidaknya 20% air laut perlu diganti setiap sebulan.
Namun saat melakukan pergantian tidak boleh dilakukan langsung, tapi diatur sedemikian rupa sehingga kecepatan aliran air yang keluar seimbang dengan air yang masuk ke dalam akuarium laut.
Kondisi itu perlu diterapkan pada akuarium yang didominasi terumbu karang jenis sponge dan akar bahar. Maklum mereka cepat mati pada kondisi tanpa air. Pengaturan aliran itu juga meminimalisasi fluktuasi salinitas yang berakibat seluruh satwa di akuarium laut stres.
Air laut baru perlu diberi kalsium setiap hari. Kalsium memacu pertumbuhan terumbu karang serta beberapa jenis ikan dan udang. Setiap liter air laut perlu 0,02 gram kalsium. Artinya, bila akuarium bervolume 100 liter perlu 2 gram kalsium, setara 1/4 sendok makan.
Meski demikian, hanya larutan bening setelah kalsium itu diencerkan dengan 1 liter air yang boleh dipakai. Larutan itu berpH tinggi sehingga tidak boleh dituang sekaligus, tapi diberikan bertahap untuk menghindari fluktuasi pH.
Arus air di akuarium laut juga perlu diukur kekuatannya. Arus dibutuhkan untuk mensirkulasi air laut agar terekspos ke permukaan karang. Tujuannya adalah membantu peran terumbu sebagai media filter biologi. Idealnya, arus dapat bersirkulasi sebanyak 6 kali dari kapasitas akuarium selama satu jam. Pada akuarium laut dengan volume 200 liter, misalnya supaya jumlah sirkulasi itu tercapai butuh pompa berkekuatan 1.200 liter/jam.
Pehobi seringkali mendapati terumbu karang di akuarium laut ditutupi ganggang hijau dan cokelat kemerahan. Hal itu terjadi akibat kualitas air akuarium laut buruk. Langkah terbaik adalah mengganti memakai air laut baru diikuti dengan membersihkan karang memakai sikat halus. Untuk alga yang suka menempel di kaca akuarium tidak perlu risau karena saat ekosistem berjalan normal, alga lenyap dengan sendirinya.
