Nilai berharga dari sebuah pohon gaharu adalah kehadiran gubal. Gubal merupakan substansi aromatik berupa gumpalan berwarna cokelat muda, cokelat kehitaman, sampai hitam yang terdeposit di antara sel-sel kayu dalam bentuk resin.
Deposit resin itu mengakibatkan kayu yang seratnya lepas dan berwarna putih berubah menjadi kompak padat berwarna hitam serta wangi. Resin tersebut termasuk golongan sesquiterpen yang mudah menguap.
Gubal terbentuk sebagai reaksi pertahanan sel-sel jaringan kayu terhadap serangan cendawan dan bakteri patogen. Secara alami gaharu mengeluarkan sesquiterpen, senyawa kimia bersifat fitoaleksin yang toksik (beracun) untuk melawan cendawan dan bakteri patogen (sehingga memunculkan gubal, red) seperti Fusarium oxysporum, F. solanii, Libertella sp, Trichoderma sp, Scytalidium sp, dan Thielaviopsis sp.
Sesquiterpen menghasilkan aroma wangi sehingga dunia mengenalnya sebagai sesquiterpen aromatik. Tingginya harga gubal gaharu disebabkan senyawa sesquiterpen sangat spesifik. Senyawa itu tidak dapat produksi sintetis atau dipalsu memakai bahan lain. Khusus Aquilaria malaccensis dijumpai memiliki dua senyawa sesquiterpen, yakni jinkoh eremol dan jinkohol II.
