Pada budidaya udang windu dan udang vannamei, kemunculan penyakit merupakan kerugian besar. Berbagai fakta di lapangan memperlihatkan aneka penyakit akibat infeksi bakteri, cendawan, dan virus menyebabkan budidaya terganggu karena berujung pada kematian massal udang.
Beberapa virus yang menyerang udang di tambak adalah White Spot Syndrome Virus (WSSV) dan Taura Syndrome Virus (TSV). Infeksi virus tersebut dapat dideteksi cepat dan akurat memakai teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) atau reaksi rantai polimerase.
Teknik tersebut bukan sesuatu baru, tapi manfaatnya di akuakultur belum lama dan tidak populer lantaran harga peralatan relatif mahal. Padahal, sesungguhnya pembudidaya tidak perlu memiliki PCR, karena sejumlah balai perikanan milik pemerintah dan swasta mempunyai program pengujian PCR pada udang.
Prinsip kerja uji PCR adalah mengekstraksi DNA/RNA dari sampel. Berikutnya memperbanyak potongan-potongan DNA/RNA yang membawa informasi genetika serta melakukan proses elektroforesis untuk melihat hasil produk PCR. Sampel uji PCR perlu segar, tapi bila sulit, sampel dapat disimpan memakai larutan alkohol 95%, sebelum dikirim ke laboratorium pengujian.
Langkah itu dapat mencegah kerusakan DNA/RNA. Pada udang, sampel yang diambil adalah potongan insang, kaki renang (pleopoda), atau cairan hemolim. Untuk ikan lain bisa memakai potongan mata dan otak (uji VNN) dan insang. Di laboratorium, sampel harus segera diekstraksi dengan larutan Lysis Buffer (IQ2000 TM).
DNA/RNA diekstrak dari sel-sel sampel untuk kemudian diamankan dari kerusakan oleh enzim dNase. Selanjutnya ekstrak disentrifus sehingga diperoleh butiran/pelet DNA yang dipakai pada tahap kedua uji PCR. Untuk mengekstrak RNA dipakai RNA Extraction Solution (IQ2000 TM) yang sekaligus mengamankan RNA dari enzim rNase.
Hasil ekstraksi DNA/RNA pada tahap pertama itu lantas digandakan dengan bantuan enzim primer. Satu jenis enzim primer bertanggung jawab atas penggandaan satu jenis DNA/RNA, sehingga primer WSSV hanya bisa dipakai untuk uji WSSV. Demikian seterusnya. Proses penggandaan DNA/RNA memakai enzim itu merupakan proses amplifikasi yang dilakukan pada kondisi suhu dan siklus penggandaan tertentu serta diatur pada thermocycle. Alat itu disebut sebagai mesin PCR.
Sebab siklus penggandaan berulang, maka kegiatan ini seolah proses reaksi berantai. Karena proses ini memakai enzim DNA Taq Polymerase, maka keseluruhan prosesnya disebut sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR) atau reaksi rantai polimerase. Hasil produk PCR selanjutnya digunakan pada tahap ketiga, yaitu proses elektroforesis.
Dengan bantuan larutan Buffer TAE atau TBE, DNA/RNA yang telah diklon pada tahap kedua dimasukkan ke dalam lubang-lubang kecil pada lempengan agar Agarose 2%. Hasil proses elektroforesis itu akan menampilkan pita-pita DNA/RNA yang letaknya tersebar, tergantung pada berat molekul untuk selanjutnya dibandingkan dengan posisi pita-pita pada lajur penanda DNA (DNA Marker). Berdasarkan pembacaan hasil pada tahap ketiga tersebut bisa disimpulkan sampel bebas dari infeksi virus atau tidak.
Untuk menjamin akurasi data dan proses kerja, setiap kali pengujian PCR harus disertai dengan kontrol positif dan kontrol negatif. Kontrol positif memakai plasmid DNA/RNA virus yang diuji, sehingga pada lempengan agar setelah dielektroforesis, harus terdapat pita-pita DNA/RNA.
Sebaliknya, kontrol negatif memakai air biasa sebagai kontrol, sehingga pada lempengan agar setelah dielektroforesis harus bersih atau kosong. Apabila terdapat pita-pita DNA/RNA pada lajur kontrol negatif, hal ini mengindikasikan adanya kontaminasi, sehingga keseluruhan proses uji harus diulang untuk menjamin keakuratan hasil.
Keberhasilan pengujian sampel dengan metode PCR dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti kontaminasi silang, umur reagen/enzim, jumlah enzim yang dipakai, ketelitian saat proses ekstraksi, serta kondisi larutan buffer dan larutan etidium bromida yang dipakai.
Hasil uji PCR dapat berupa data kualitatif ataupun kuantitatif. Data kualitatif hanya menunjukkan ada atau tidaknya infeksi virus, sedang data kuantitatif menunjukkan tingkat infeksi virus pada sampel uji, baik infeksi ringan, infeksi medium, dan infeksi berat.
Setelah diketahui, dapat segera diambil tindakan, misalnya mengisolasi bak atau petak tambak dan kolam yang terinfeksi dengan memperbaiki sanitasi lingkungan, pemberian imunostimulan bagi udang untuk meningkatkan daya tahan tubuh, atau bahkan memusnahkan udang sehingga tidak menulari petak kolam yang bebas infeksi. Upaya itu dapat menekan kerugian.
Pengujian PCR dapat pula digunakan saat menyeleksi benur siap tebar di tambak. Dengan cara tersebut diperoleh benur berkualitas yang bebas virus. Untuk mengantisipasi terjadinya infeksi penyakit, seyogyanya perlu dilakukan pengujian sampel secara berkala pada hari ke-30, 60, dan 90 pascatebar benur.
Hasil uji PCR dapat diketahui dalam waktu 5-6 jam, relatif cepat dan akurat untuk mendeteksi infeksi virus atau penyakit lain. Beberapa balai perikanan yang menerima uji PCR adalah BPBAP Bangil dan BBAP Situbondo (Jawa Timur), BBRPBL Gondol (Bali), BBPBAP Jepara (Jawa Tengah), dan BBL Lampung.
