Industri kecap menjadikan kedelai hitam sebagai bahan dasar pembuatan kecap. Data Muchlish Adie dan Ayda Krisnawati, peneliti Balai Penelitian Tanaman Aneka Kacang dan Umbi (Balitkabi) dalam sebuah seminar kedelai hitam, menyebutkan selama kurun waktu 1918-2012, telah dirilis 73 varietas kedelai dan 7 varietas di antaranya merupakan kedelai hitam.
Varietas kedelai hitam yang kaya pigmen antosianin (senyawa delphini-din-3-monoglucoside dan cyanidin-3-monoglucoside) itu, antara lain varietas cikuray, detam 1 dan detam 2, merapi, serta mallika. Seluruh varietas tersebut berumur sedang dengan masa budidaya selama 80-90 hari.
Varietas kedelai hitam mallika yang dirilis sebagai kedelai unggul pada 2007, sudah dikebunkan di Yogyakarta, Jawa Tengah, Jawa Barat, dan Jawa Timur. Perakitan varietas mallika dilakukan oleh Dr Ir Setyastuti Purwanti MS di Laboratorium Teknologi Benih Fakultas Pertanian UGM. Nama mallika yang diberikan mengandung makna Kerajaan dalam Bahasa Sanskerta. Varietas mallika menjadi ikonik lantaran berprotein tinggi, daya simpan lebih lama, dan pertumbuhan tanaman stabil serta seragam. Produktivitas mallika mencapai 1,6-2,9 ton/ha.
Varietas kedelai hitam yang dirilis pada 2014 adalah kedelai hitam mutiara 2 dan kedelai hitam mutiara 3. Nama Mutiara merupakan singkatan dari mutan unggul teknologi isotop dan radiasi. Kedua varietas tersebut mewariskan darah kedelai hitam varietas cikuray sebagai salah satu induk. Varietas cikuray merupakan kedelai hitam unggul yang dilepas pada 1992 serta toleran terhadap penyakit karat daun, tetapi produktivitas belum maksimal, rata-rata 1,6-1,7 ton/ha.
Keunggulan lain varietas cikuray adalah kandungan protein tinggi mencapai 35% dan 17% lemak. Keistimewaan itu yang dipakai peneliti di Badan Tenaga Nuklir Nasional (Batan) di Jakarta Selatan, saat merakit varietas kedelai hitam mutiara 2 dan kedelai hitam mutiara 3. Mereka melakukan iradiasi inti sel varietas cikuray memakai sinar gamma dengan dosis 200 gray. Hasil uji multilokasi memperlihatkan produktivitas varietas mutiara mencapai 2 ton/ha.
