Panen kedelai tidak boleh dilakukan sembarangan. Waktu tepat panen kedelai ternyata memberikan pengaruh penting terhadap kuantitas dan kualitas panen tersebut. Panen kedelai perlu dilakukan saat tingkat kemasakan biji kedelai sesuai.
Panen kedelai terlalu awal menyebabkan jumlah buah muda tinggi sehingga kualitas biji dan daya simpan kedelai rendah. Namun bila terlambat melakukan panen, menyebabkan buah tua mengering dan kulit polong retak. Biji dapat lepas berhamburan. Potensi kehilangan hasil panen kedelai akan meningkat karena faktor cuaca serta hama dan penyakit.
Waktu tepat panen kedelai dilaksanakan bila mayoritas daun menguning, lalu gugur. Ciri lain, buah berubah warna dari hijau menjadi kuning kecokelatan dan retak. Polong buah terlihat tua. Batang berwarna kuning agak cokelat dan gundul. Kedelai siap panen pada umur 75-110 hari setelah tanam (hst), tergantung varietas serta ketinggian tempat budidaya.
Kedelai konsumsi biasanya dipanen pada umur 75-100 hari. Sementara itu kedelai untuk benih dipanen pada umur 100-110 hari, supaya tingkat kematangan biji kedelai merata.
Panen kedelai dapat dilakukan saat kedelai berkadar air tinggi, di atas 30% atau saat berkadar air rendah, 17-20%. Dampak perbedaan kadar air itu terlihat pada penyusutan volume dan mutu benih.
Pada panen kedelai dengan kadar air tinggi, penyusutan volume lebih tinggi, sehingga panen terbaik dilakukan saat kadar air rendah, 17-20%, terutama pada saat musim kemarau. Keuntungan panen kedelai dengan kadar air rendah adalah rantai pascapanen lebih pendek sehingga menghemat waktu, biaya, dan tenaga.
